Plongés dans un futur morose, au coeur de batailles provoquées par l'annonce d'une troisième guerre mondiale, nous vivons la résistance de la cité Olympus, composée de bioroïds, défendue par le commandant Deunan. En effet, cette cité utopique est constamment menacée, et le terrorisme, les complots, et autres tourments sont le lot quotidien des habitants. Appleseed est un univers fantastique, mais si proche de la réalité politique, économique, et sociale de tous les mondes qui peuvent exister. Il reflète les évènements caractéristiques d'une société qui cherche, par tous les moyens, à survivre.