L'histoire présentée ici sème les germes du suspense et de la tension . Voici une héroïne double, dont l'apparence (angélique) est à l'inverse de la noirceur de sa personnalité. Mutante aux pouvoirs singuliers, meurtriers, Lucy se retrouve amnésique à la suite d'une blessure par balle lors de son évasion du centre de recherche où elle était séquestrée. Elle va être secourue par Kôta, un adolescent, et sa cousine Yuka, qui ignorent quel danger les menace désormais.
Elfen lied tire les ficelles du thriller, nous laissant impuissants face aux dangers inéluctables courus par deux jeunes héros ordinaires.